Domaine : Sciences de l'ingénieur et technologie
Section : Sciences de l'ingénieur industriel
Option : Biochimie

Fiche descriptive d'une Unité d'Enseignement
Année académique 2019-2020


Microbiologie II
UE 64

Enseignant responsable : MAURER Philippe

Coordonnées du service :
HELdB - CAMPUS CERIA
Bâtiment 4C - 1er étage
Avenue Emile Gryzon 1 - 1070 Bruxelles

Langue(s) d'enseignement :

Niveau du cycle :
2 cycle

Période de l'année :
Quadrimestre 2

Cadre européen de certification :
Niveau 7

Caractère obligatoire ou au choix dans le programme ou option de l'étudiant :
Cours obligatoire dans le programme

Renseignements d'identification

Année d'études :
MASTER 1

Acronyme :
TLU42BMICRO

Nombre de crédits ECTS :
5 (Facteur de pondération)

Volume horaire :
90 h

Liste des UE prérequises :
Néant

Liste des UE corequises :
Néant


Liste des activités d'apprentissage :

Activité d'apprentissage Volume horaire ECTS Pondération
TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 60 2 40
TLB42MIC2 - Microbiologie 2 30 3 60

Contribution de l'UE au profil d'enseignement du programme :

Au terme de sa formation, le Master en Sciences de l'ingénieur industriel Biochimie est capable de :

  • ARES. 1 01. Identifier, conceptualiser et résoudre des problèmes complexes
  • ARES. 1.1 Intégrer les savoirs scientifiques et technologiques afin de faire face à la diversité et à la complexité des problèmes rencontrés
  • ARES. 1.6 Établir ou concevoir un protocole de tests, de contrôles et de mesures.
  • ARES. 2 02. Concevoir et gérer des projets de recherche appliquée
  • ARES. 2.3 Mener des études expérimentales, en évaluer les résultats et en tirer des conclusions
  • ARES. 2.5 Exploiter les résultats de recherche
  • ARES. 3 03. Développer et appliquer les ressources techniques et technologiques liées au domaine de la biochimie
  • ARES. 3.1 Rédiger, présenter, discuter, et argumenter des rapports techniques et expérimentaux, protocoles, synthèses bibliographiques, résultats d’analyses, bilans, synthèses bibliographiques ou autres documents scientifiques sur base des données scientifiques et techniques actuellement disponibles (recherche de données pertinentes).
  • ARES. 3.2 Sélectionner des matières premières ou nutriments, créer ou sélectionner une souche microbienne, une cellule animale, un vecteur, …, innover, améliorer, modéliser et schématiser des protocoles, modes opératoires, dispositifs d’analyse, des installations de « Up Stream Processing » ou « Down Stream Processing ».
  • ARES. 3.4 Connaitre et évaluer les risques liés à l’utilisation d’organismes vivants éventuellement recombinés.
  • ARES. 3.6 Respecter et faire respecter les législations et réglementations en vigueur, les normes et les procédures en termes d’assurance qualité, d’hygiène, de biosécurité, de systèmes de certification, et ce au travers par exemple des bonnes pratiques GMP/GLP, des normes internationales ISO ou européennes EN, des règles de biosécurité relative par exemple à l’utilisation d’OGM et/ou d’organismes pathogènes, de protection des travailleurs exposés à des agents biologiques au travail, de normes HACCP, ...Assurer la production en respectant le cahier des charges (spécifications), les coûts et les délais.
  • ARES. 4 04. S’intégrer et contribuer au développement de son milieu professionnel
  • ARES. 4.3 Travailler en autonomie et en équipe dans le respect de la culture d’entreprise
  • ARES. 7 07. S’engager dans une démarche de développement professionnel
  • ARES. 7.2 S’autoévaluer pour identifier ses besoins de développement
  • ARES. 7.4 Organiser son savoir de manière à améliorer son niveau de compétence

Autres connaissances ou compétences prérequises :

  • Cours de Biologie, de Biochimie et de Microbiologie de bachelier.
    Cours de Biochimie 3 (UE 59), de Microbiologie 1 et les laboratoires de Microbiologie 1 (UE 60) du Q1.

Descriptif des objectifs et des contenus de l’UE :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 :
Objectifs :

- Illustrer le cours théorique de Microbiologie 2.
- Former les étudiants au respect des consignes de biosécurité et les familiariser aux techniques classiques de Microbiologie conduisant à l’isolement, au dénombrement et à l’identification (approfondie, cf. genre, espèce, souche) des micro-organismes (bactéries, levures, moisissures) de classe de sécurité biologique 1 et 2.
- Former les étudiants à être autonome au sein d’un laboratoire de Microbiologie au point de vue organisationnel (gestion de son travail, du matériel et des produits).
- Former les étudiants à la « prise en charge » et au suivi d’une analyse microbiologique quelconque (et les sensibiliser aux nombreux contrôles à effectuer), à l’expression des résultats et à l’interprétation rigoureuse de ceux-ci (cf. rédaction de rapports).
- Acquérir une démarche de pensée logique, analytique, pertinente et rigoureuse ; et développer son autonomie et son esprit critique dans la résolution de problèmes.

Contenu :

- Préparation et stérilisation du matériel, des milieux de culture et de divers réactifs sensibles.
- Manipulations aseptiques (en L1 et L2) : prélèvements, transferts, dilutions sériées, …
- Mises en culture, enrichissements sélectifs, isolements de souches pures au départ d’un échantillon complexe.
- Observations macroscopiques et caractérisation de colonies sur milieux gélosés.
- Observations microscopiques et caractérisation approfondies des micro-organismes : état frais, colorations négatives vs différentielles, … manipulation du microscope.
- Méthodes d’identification qualitative et de quantification des populations présentes dans un aliment par les méthodes officielles (cf. normes) et les méthodes alternatives certifiées.
- Tests enzymatiques et biochimiques (approfondis) : galeries API, milieux chromogènes, tests catalase, oxydase, coagulase, …
- Détermination du taux de croissance spécifique (µ), du temps de génération (g) et du nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche, shift up vs shift down, diauxie, …) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats.
- Comptages de micro-organismes (totaux vs viables vs vivants) : méthodes directe vs indirecte.


TLB42MIC2 - Microbiologie 2 :
Objectifs :

- Etudier et comprendre la croissance microbienne (en batch) en fonction des facteurs physico-chimiques extrinsèques et leurs conséquences sur la biochimie et sur la physiologie microbienne.
- Décrire et expliquer les différentes réactions d’approvisionnements (cf. systèmes de transports), de biosynthèse, de polymérisation et d’assemblage des composants cellulaires.
- Décrire et expliquer les différents mécanismes d’échanges de matériel génétique chez les micro-organismes.
- Acquérir et intégrer les différents concepts de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire), pré requis indispensable à la compréhension des cours de Génie génétique, de Biochimie appliquée, de Génie biochimique, de Biochimie industrielle, …
- Maîtriser l’ensemble des éléments pré cités pour envisager l’utilisation industrielle des micro-organismes.

Contenu :

Une table des matières très détaillée est présentée au début de la matrice du cours
- Etude de la croissance (discontinue) des populations en batch.
- Etude des facteurs physico-chimiques influençant la croissance microbienne (cf. disponibilité qualitative et quantitative des nutriments, pH, Aw, HR, Posm, +/- O2, T°, …) et leurs conséquences sur la biochimie et sur la physiologie microbienne.
- Classification des micro-organismes sur base des facteurs physico-chimiques pré cités.
- Eléments de Microbiologie alimentaire.
- Détermination du taux de croissance spécifique (µ), du temps de génération (g) et du nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats.
- Le métabolisme microbien : réactions d’approvisionnements (cf. systèmes de transports), de biosynthèse, de polymérisation et d’assemblage des composants cellulaires.
- Les différents mécanismes de transport.
- Eléments de génétique bactérienne.


Activités et méthodes d’apprentissage et d’enseignement :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 :

- Une introduction repositionnant la manipulation dans son contexte théorique est réalisée en début de chaque séance.
- Les étudiants réalisent, individuellement, les manipulations précitées sur base des protocoles présentés dans le syllabus (préparation à domicile).
- Démonstrations pratiques.
- Le titulaire des TP passe « d’étudiant en étudiant ».


TLB42MIC2 - Microbiologie 2 :

L’enseignement est principalement de type magistral : exposé verbo-iconique (supporté par une projection de présentations PowerPoint). Méthode interactive : une participation active à chaque séance du cours est vivement recommandée.


Mode d’évaluation et de pondération par activité au sein de l’UE :

Activité d'apprentissage Pondération Première session
Examens de Mai-Juin
Évaluation
continue
Remise de
travaux
Examen
Ecrit
Examen
Oral
Type
TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 40 NR66 % 0 % 0 % 34 % Examen oral Examen à livre fermé
TLB42MIC2 - Microbiologie 2 60 0 % 0 % 0 % 100 % Examen oral Examen à livre fermé
Activité d'apprentissage Pondération Deuxième session
Examens de Août-Septembre
Évaluation
continue
Remise de
travaux
Examen
Ecrit
Examen
Oral
Type
TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 40 NR66 % 0 % 0 % 34 % Examen Ecrit - Questionnaire mixte Examen à livre fermé
TLB42MIC2 - Microbiologie 2 60 0 % 0 % 0 % 100 % Examen oral Examen à livre fermé

Informations sur le mode d'évaluation :

En raison de l’épidémie de COVID-19, cette évaluation pourrait avoir été modifiée pour raisons de force majeure visé par l’article 77 §3 du Décret Paysage

* Les évaluations de la session d’examens de janvier ne sont reportées en juin que si la note est ≥10/20.

Méthode de calcul de la note finale d'une UE
La note finale attribuée à une UE doit, dans tous les cas, être calculée en effectuant la moyenne arithmétique pondérée des notes des AA composant l'UE.

Remarque :
Lors des délibérations, en raison de circonstances exceptionnelles et notamment sur proposition des mini-jurys, rien n'empêche que le jury plénier puisse attribuer les crédits associés à une UE dont la note est inférieure à 10/20, sans modifier la valeur de cette dernière.


Justifier la NR (Non Remédiable --> Note reportée) en 2de session :
Informations par rapport à la session de mai/juin :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Pour les laboratoires de Microbiologie 2, l’évaluation de l’attitude générale de l’étudiant (33 %) et les rapports individuels (33 %) ne sont pas remédiables. Dès lors, leurs notes (66 %) sont reportées en deuxième session.

Informations par rapport à la session de août/septembre :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Pour les laboratoires de Microbiologie 2, l’évaluation de l’attitude générale de l’étudiant (33 %) et les rapports individuels (33 %) ne sont pas remédiables. Dès lors, leurs notes (66 %) sont reportées en deuxième session.


Informations complémentaires :

Informations par rapport à la session de mai/juin :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est régulièrement évaluée lors des séances de TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire de Microbiologie, se référer au RGEE.
- Examen oral (questions ouvertes) sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en septembre).
- L'examen oral aura lieu à distance via visio-conférence Teams.

TLB42MIC2 - Microbiologie 2
- L'ensemble de la matière a été enseignée au Q2 (périodes C et D) tant en présentiel qu'en visio-conférence Teams.
- Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).
- L'examen oral aura lieu à distance via visio-conférence Teams.

Informations par rapport à la session de août/septembre :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est réguli èrement évaluée lors des séances de TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire de Microbiologie, se référer au RGEE.
- Examen oral sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale.

TLB42MIC2 - Microbiologie 2
- Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).
- Ce mode d’évaluation est valable tant pour l’examen de 1ère session (juin) que pour celui de 2ème session (septembre).

Acquis d’apprentissages sanctionnés, spécifiques et contribuant à l’UE :

À l'issue du cours de TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 : l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs pratiques de la Microbiologie et d’en maîtriser sa terminologie.
- De procéder au dénombrement d’une population microbienne par des méthodes directe (cf. turbidimétrie) et indirecte (cf. ensemencement). Validation des duplicatas, des dilutions sériées, de l’écart type, de l’intervalle de confiance, … Détermination du taux de croissance spécifique (µ), du temps de génération (g) et du nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche, shift up vs shift down, diauxie) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats. Comparaisons des résultats obtenus selon ces différentes méthodes. Interprétation de ceux-ci.
- D’isoler une souche pure au départ d’une flore hétérogène complexe (cf. milieux sélectifs, facteurs physico-chimiques).
- De procéder à l’identification qualitative et quantitative des micro-organiques présents dans un échantillon (aliment, eau, terre, …) par les méthodes officielles vs les méthodes alternatives commerciales. Expression des résultats dans le respect strict des règles taxinomiques. Comparaisons des résultats obtenus selon ces différentes méthodes. Interprétation de ceux-ci en regard des normes européennes et des plans d’échantillonnage.
- De caractériser biochimiquement (genre, espèce, souche) une souche bactérienne pure via, notamment, une méthode commerciale de type galerie API.
- De réaliser de manière autonome une expérience sur base du protocole fourni.
- De présenter de manière adéquate les résultats expérimentaux obtenus, de les analyser de manière rigoureuse et pertinente et de les interpréter en regards des résultats théoriques attendus. Validation des contrôles positifs et négatifs. Etude des effets croisés de : la T°, +/- O2, de la disponibilité en nutriments, du temps d’exposition, …
- De présenter une communication écrite de qualité.
- De proposer un plan expérimental pour l’analyse d’un échantillon quelconque.

À l'issue du cours de TLB42MIC2 - Microbiologie 2 : l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs théoriques de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire) et d’en maîtriser sa terminologie.
- De décrire et d’expliquer les facteurs physico-chimiques extrinsèques (cf. disponibilité qualitative et quantitative des nutriments, pH, Aw, HR, Posm, +/- O2, T°, …) influençant la croissance microbienne en batch et leurs conséquences sur la biochimie et sur la physiologie microbienne.
- D’identifier, sur base des facteurs extrinsèques pré cités, les contraintes liées à l’utilisation de micro-organismes en bioréacteurs.
- De déterminer le taux de croissance spécifique (µ), le temps de génération (g) et le nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats.
- De décrire et d’expliquer les différentes réactions d’approvisionnements (cf. systèmes de transports), de biosynthèse, de polymérisation et d’assemblage des composants cellulaires.
- De décrire et d’expliquer les différents mécanismes d’échanges de matériel génétique.
- De transposer les données du cours dans des situations plus appliquées (telles les TP de laboratoire, le contrôle « Qualité », la recherche fondamentale vs appliquée, l’industrie …).

Description des sources, des références et des supports :

Support Obligatoire Publié
Microbiologie 2 :
- Table des matières très détaillée.
- Photocopies des présentations PowerPoint projetées en auditoire (celles-ci sont distribuées aux étudiants en début de période). Volontairement incomplètes (pour favoriser l’interaction et susciter des moments d’apprentissage participatifs et réflexifs), ces présentations contiennent les mots-clés, les définitions, les schémas, les tableaux récapitulatifs, … Ces photocopies ne constituent donc pas un ensemble rédigé en tant que notes de cours et ne doivent être considérées que comme « aide-mémoire » des aspects présentés. Les versions informatiques pdf de celles-ci sont disponibles sur le CNLdB.
- Certains chapitres sont, néanmoins, rédigés sous forme de texte continu.

Laboratoire de microbiologie 2 :
Syllabus de TP, fiches techniques des réactifs et des kits utilisés sont distribuées aux étudiants en début de période.
OUI OUI
Une liste complète de références bibliographiques est distribuée aux étudiants. Différents ouvrages sont à la disposition des étudiants au sein du Laboratoire de Microbiologie. NON OUI

Domaine : Sciences de l'ingénieur et technologie
Section : Sciences de l'ingénieur industriel
Option : Biochimie

Fiche descriptive d'une Unité d'Enseignement
Année académique 2019-2020


Microbiologie II
UE 64

Enseignant responsable : MAURER Philippe

Coordonnées du service :
HELdB - CAMPUS CERIA
Bâtiment 4C - 1er étage
Avenue Emile Gryzon 1 - 1070 Bruxelles

Langue(s) d'enseignement :

Niveau du cycle :
2 cycle

Période de l'année :
Quadrimestre 2

Cadre européen de certification :
Niveau 7

Caractère obligatoire ou au choix dans le programme ou option de l'étudiant :
Cours obligatoire dans le programme

Renseignements d'identification

Année d'études :
MASTER 1

Acronyme :
TLU42BMICRO

Nombre de crédits ECTS :
5 (Facteur de pondération)

Volume horaire :
90 h

Liste des UE prérequises :
Néant

Liste des UE corequises :
Néant


Liste des activités d'apprentissage :

Activité d'apprentissage Volume horaire ECTS Pondération
TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 60 2 40
TLB42MIC2 - Microbiologie 2 30 3 60

Contribution de l'UE au profil d'enseignement du programme :

Au terme de sa formation, le Master en Sciences de l'ingénieur industriel Biochimie est capable de :

  • ARES. 1 01. Identifier, conceptualiser et résoudre des problèmes complexes
  • ARES. 1.1 Intégrer les savoirs scientifiques et technologiques afin de faire face à la diversité et à la complexité des problèmes rencontrés
  • ARES. 1.6 Établir ou concevoir un protocole de tests, de contrôles et de mesures.
  • ARES. 2 02. Concevoir et gérer des projets de recherche appliquée
  • ARES. 2.3 Mener des études expérimentales, en évaluer les résultats et en tirer des conclusions
  • ARES. 2.5 Exploiter les résultats de recherche
  • ARES. 3 03. Développer et appliquer les ressources techniques et technologiques liées au domaine de la biochimie
  • ARES. 3.1 Rédiger, présenter, discuter, et argumenter des rapports techniques et expérimentaux, protocoles, synthèses bibliographiques, résultats d’analyses, bilans, synthèses bibliographiques ou autres documents scientifiques sur base des données scientifiques et techniques actuellement disponibles (recherche de données pertinentes).
  • ARES. 3.2 Sélectionner des matières premières ou nutriments, créer ou sélectionner une souche microbienne, une cellule animale, un vecteur, …, innover, améliorer, modéliser et schématiser des protocoles, modes opératoires, dispositifs d’analyse, des installations de « Up Stream Processing » ou « Down Stream Processing ».
  • ARES. 3.4 Connaitre et évaluer les risques liés à l’utilisation d’organismes vivants éventuellement recombinés.
  • ARES. 3.6 Respecter et faire respecter les législations et réglementations en vigueur, les normes et les procédures en termes d’assurance qualité, d’hygiène, de biosécurité, de systèmes de certification, et ce au travers par exemple des bonnes pratiques GMP/GLP, des normes internationales ISO ou européennes EN, des règles de biosécurité relative par exemple à l’utilisation d’OGM et/ou d’organismes pathogènes, de protection des travailleurs exposés à des agents biologiques au travail, de normes HACCP, ...Assurer la production en respectant le cahier des charges (spécifications), les coûts et les délais.
  • ARES. 4 04. S’intégrer et contribuer au développement de son milieu professionnel
  • ARES. 4.3 Travailler en autonomie et en équipe dans le respect de la culture d’entreprise
  • ARES. 7 07. S’engager dans une démarche de développement professionnel
  • ARES. 7.2 S’autoévaluer pour identifier ses besoins de développement
  • ARES. 7.4 Organiser son savoir de manière à améliorer son niveau de compétence

Autres connaissances ou compétences prérequises :

  • Cours de Biologie, de Biochimie et de Microbiologie de bachelier.
    Cours de Biochimie 3 (UE 59), de Microbiologie 1 et les laboratoires de Microbiologie 1 (UE 60) du Q1.

Descriptif des objectifs et des contenus de l’UE :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 :
Objectifs :

- Illustrer le cours théorique de Microbiologie 2.
- Former les étudiants au respect des consignes de biosécurité et les familiariser aux techniques classiques de Microbiologie conduisant à l’isolement, au dénombrement et à l’identification (approfondie, cf. genre, espèce, souche) des micro-organismes (bactéries, levures, moisissures) de classe de sécurité biologique 1 et 2.
- Former les étudiants à être autonome au sein d’un laboratoire de Microbiologie au point de vue organisationnel (gestion de son travail, du matériel et des produits).
- Former les étudiants à la « prise en charge » et au suivi d’une analyse microbiologique quelconque (et les sensibiliser aux nombreux contrôles à effectuer), à l’expression des résultats et à l’interprétation rigoureuse de ceux-ci (cf. rédaction de rapports).
- Acquérir une démarche de pensée logique, analytique, pertinente et rigoureuse ; et développer son autonomie et son esprit critique dans la résolution de problèmes.

Contenu :

- Préparation et stérilisation du matériel, des milieux de culture et de divers réactifs sensibles.
- Manipulations aseptiques (en L1 et L2) : prélèvements, transferts, dilutions sériées, …
- Mises en culture, enrichissements sélectifs, isolements de souches pures au départ d’un échantillon complexe.
- Observations macroscopiques et caractérisation de colonies sur milieux gélosés.
- Observations microscopiques et caractérisation approfondies des micro-organismes : état frais, colorations négatives vs différentielles, … manipulation du microscope.
- Méthodes d’identification qualitative et de quantification des populations présentes dans un aliment par les méthodes officielles (cf. normes) et les méthodes alternatives certifiées.
- Tests enzymatiques et biochimiques (approfondis) : galeries API, milieux chromogènes, tests catalase, oxydase, coagulase, …
- Détermination du taux de croissance spécifique (µ), du temps de génération (g) et du nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche, shift up vs shift down, diauxie, …) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats.
- Comptages de micro-organismes (totaux vs viables vs vivants) : méthodes directe vs indirecte.


TLB42MIC2 - Microbiologie 2 :
Objectifs :

- Etudier et comprendre la croissance microbienne (en batch) en fonction des facteurs physico-chimiques extrinsèques et leurs conséquences sur la biochimie et sur la physiologie microbienne.
- Décrire et expliquer les différentes réactions d’approvisionnements (cf. systèmes de transports), de biosynthèse, de polymérisation et d’assemblage des composants cellulaires.
- Décrire et expliquer les différents mécanismes d’échanges de matériel génétique chez les micro-organismes.
- Acquérir et intégrer les différents concepts de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire), pré requis indispensable à la compréhension des cours de Génie génétique, de Biochimie appliquée, de Génie biochimique, de Biochimie industrielle, …
- Maîtriser l’ensemble des éléments pré cités pour envisager l’utilisation industrielle des micro-organismes.

Contenu :

Une table des matières très détaillée est présentée au début de la matrice du cours
- Etude de la croissance (discontinue) des populations en batch.
- Etude des facteurs physico-chimiques influençant la croissance microbienne (cf. disponibilité qualitative et quantitative des nutriments, pH, Aw, HR, Posm, +/- O2, T°, …) et leurs conséquences sur la biochimie et sur la physiologie microbienne.
- Classification des micro-organismes sur base des facteurs physico-chimiques pré cités.
- Eléments de Microbiologie alimentaire.
- Détermination du taux de croissance spécifique (µ), du temps de génération (g) et du nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats.
- Le métabolisme microbien : réactions d’approvisionnements (cf. systèmes de transports), de biosynthèse, de polymérisation et d’assemblage des composants cellulaires.
- Les différents mécanismes de transport.
- Eléments de génétique bactérienne.


Activités et méthodes d’apprentissage et d’enseignement :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 :

- Une introduction repositionnant la manipulation dans son contexte théorique est réalisée en début de chaque séance.
- Les étudiants réalisent, individuellement, les manipulations précitées sur base des protocoles présentés dans le syllabus (préparation à domicile).
- Démonstrations pratiques.
- Le titulaire des TP passe « d’étudiant en étudiant ».


TLB42MIC2 - Microbiologie 2 :

L’enseignement est principalement de type magistral : exposé verbo-iconique (supporté par une projection de présentations PowerPoint). Méthode interactive : une participation active à chaque séance du cours est vivement recommandée.


Mode d’évaluation et de pondération par activité au sein de l’UE :

Activité d'apprentissage Pondération Première session
Examens de Mai-Juin
Évaluation
continue
Remise de
travaux
Examen
Ecrit
Examen
Oral
Type
TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 40 NR66 % 0 % 0 % 34 % Examen oral Examen à livre fermé
TLB42MIC2 - Microbiologie 2 60 0 % 0 % 0 % 100 % Examen oral Examen à livre fermé
Activité d'apprentissage Pondération Deuxième session
Examens de Août-Septembre
Évaluation
continue
Remise de
travaux
Examen
Ecrit
Examen
Oral
Type
TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 40 NR66 % 0 % 0 % 34 % Examen Ecrit - Questionnaire mixte Examen à livre fermé
TLB42MIC2 - Microbiologie 2 60 0 % 0 % 0 % 100 % Examen oral Examen à livre fermé

Informations sur le mode d'évaluation :

En raison de l’épidémie de COVID-19, cette évaluation pourrait avoir été modifiée pour raisons de force majeure visé par l’article 77 §3 du Décret Paysage

* Les évaluations de la session d’examens de janvier ne sont reportées en juin que si la note est ≥10/20.

Méthode de calcul de la note finale d'une UE
La note finale attribuée à une UE doit, dans tous les cas, être calculée en effectuant la moyenne arithmétique pondérée des notes des AA composant l'UE.

Remarque :
Lors des délibérations, en raison de circonstances exceptionnelles et notamment sur proposition des mini-jurys, rien n'empêche que le jury plénier puisse attribuer les crédits associés à une UE dont la note est inférieure à 10/20, sans modifier la valeur de cette dernière.


Justifier la NR (Non Remédiable --> Note reportée) en 2de session :
Informations par rapport à la session de mai/juin :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Pour les laboratoires de Microbiologie 2, l’évaluation de l’attitude générale de l’étudiant (33 %) et les rapports individuels (33 %) ne sont pas remédiables. Dès lors, leurs notes (66 %) sont reportées en deuxième session.

Informations par rapport à la session de août/septembre :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Pour les laboratoires de Microbiologie 2, l’évaluation de l’attitude générale de l’étudiant (33 %) et les rapports individuels (33 %) ne sont pas remédiables. Dès lors, leurs notes (66 %) sont reportées en deuxième session.


Informations complémentaires :

Informations par rapport à la session de mai/juin :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est régulièrement évaluée lors des séances de TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire de Microbiologie, se référer au RGEE.
- Examen oral (questions ouvertes) sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en septembre).
- L'examen oral aura lieu à distance via visio-conférence Teams.

TLB42MIC2 - Microbiologie 2
- L'ensemble de la matière a été enseignée au Q2 (périodes C et D) tant en présentiel qu'en visio-conférence Teams.
- Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).
- L'examen oral aura lieu à distance via visio-conférence Teams.

Informations par rapport à la session de août/septembre :

TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2
Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est réguli èrement évaluée lors des séances de TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire de Microbiologie, se référer au RGEE.
- Examen oral sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale.

TLB42MIC2 - Microbiologie 2
- Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).
- Ce mode d’évaluation est valable tant pour l’examen de 1ère session (juin) que pour celui de 2ème session (septembre).

Acquis d’apprentissages sanctionnés, spécifiques et contribuant à l’UE :

À l'issue du cours de TLB42LMIC2 - Laboratoire de microbiologie 2 : l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs pratiques de la Microbiologie et d’en maîtriser sa terminologie.
- De procéder au dénombrement d’une population microbienne par des méthodes directe (cf. turbidimétrie) et indirecte (cf. ensemencement). Validation des duplicatas, des dilutions sériées, de l’écart type, de l’intervalle de confiance, … Détermination du taux de croissance spécifique (µ), du temps de génération (g) et du nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche, shift up vs shift down, diauxie) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats. Comparaisons des résultats obtenus selon ces différentes méthodes. Interprétation de ceux-ci.
- D’isoler une souche pure au départ d’une flore hétérogène complexe (cf. milieux sélectifs, facteurs physico-chimiques).
- De procéder à l’identification qualitative et quantitative des micro-organiques présents dans un échantillon (aliment, eau, terre, …) par les méthodes officielles vs les méthodes alternatives commerciales. Expression des résultats dans le respect strict des règles taxinomiques. Comparaisons des résultats obtenus selon ces différentes méthodes. Interprétation de ceux-ci en regard des normes européennes et des plans d’échantillonnage.
- De caractériser biochimiquement (genre, espèce, souche) une souche bactérienne pure via, notamment, une méthode commerciale de type galerie API.
- De réaliser de manière autonome une expérience sur base du protocole fourni.
- De présenter de manière adéquate les résultats expérimentaux obtenus, de les analyser de manière rigoureuse et pertinente et de les interpréter en regards des résultats théoriques attendus. Validation des contrôles positifs et négatifs. Etude des effets croisés de : la T°, +/- O2, de la disponibilité en nutriments, du temps d’exposition, …
- De présenter une communication écrite de qualité.
- De proposer un plan expérimental pour l’analyse d’un échantillon quelconque.

À l'issue du cours de TLB42MIC2 - Microbiologie 2 : l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs théoriques de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire) et d’en maîtriser sa terminologie.
- De décrire et d’expliquer les facteurs physico-chimiques extrinsèques (cf. disponibilité qualitative et quantitative des nutriments, pH, Aw, HR, Posm, +/- O2, T°, …) influençant la croissance microbienne en batch et leurs conséquences sur la biochimie et sur la physiologie microbienne.
- D’identifier, sur base des facteurs extrinsèques pré cités, les contraintes liées à l’utilisation de micro-organismes en bioréacteurs.
- De déterminer le taux de croissance spécifique (µ), le temps de génération (g) et le nombre de génération (n) d’une population microbienne (sur milieux pauvre vs riche) par les méthodes mathématiques et graphiques. Expression des résultats.
- De décrire et d’expliquer les différentes réactions d’approvisionnements (cf. systèmes de transports), de biosynthèse, de polymérisation et d’assemblage des composants cellulaires.
- De décrire et d’expliquer les différents mécanismes d’échanges de matériel génétique.
- De transposer les données du cours dans des situations plus appliquées (telles les TP de laboratoire, le contrôle « Qualité », la recherche fondamentale vs appliquée, l’industrie …).

Description des sources, des références et des supports :

Support Obligatoire Publié
Microbiologie 2 :
- Table des matières très détaillée.
- Photocopies des présentations PowerPoint projetées en auditoire (celles-ci sont distribuées aux étudiants en début de période). Volontairement incomplètes (pour favoriser l’interaction et susciter des moments d’apprentissage participatifs et réflexifs), ces présentations contiennent les mots-clés, les définitions, les schémas, les tableaux récapitulatifs, … Ces photocopies ne constituent donc pas un ensemble rédigé en tant que notes de cours et ne doivent être considérées que comme « aide-mémoire » des aspects présentés. Les versions informatiques pdf de celles-ci sont disponibles sur le CNLdB.
- Certains chapitres sont, néanmoins, rédigés sous forme de texte continu.

Laboratoire de microbiologie 2 :
Syllabus de TP, fiches techniques des réactifs et des kits utilisés sont distribuées aux étudiants en début de période.
OUI OUI
Une liste complète de références bibliographiques est distribuée aux étudiants. Différents ouvrages sont à la disposition des étudiants au sein du Laboratoire de Microbiologie. NON OUI