Fiche UE 60 : Microbiologie I

Domaine : Sciences de l'ingénieur et technologie
Section : Sciences de l'ingénieur industriel
Option : Biochimie

Fiche descriptive d'une Unité d'Enseignement
Année académique 2020-2021

Microbiologie I

UE 60

Enseignant responsable : MAURER Philippe

Coordonnées du service :
Campus d'Anderlecht
Avenue Émile Gryzon 1 (bât. 4C)
1070 Anderlecht

Langue(s) d'enseignement :
Français

Niveau du cycle :
2 e cycle

Période de l'année :
Quadrimestre 1

Cadre européen de certification :
Niveau 7

Caractère obligatoire ou au choix dans le programme ou option de l'étudiant :
Cours obligatoire dans le programme

Renseignements d'identification

Année d'études :
BLOC 4

Acronyme :
TLU41MIC

Nombre de crédits ECTS :
5 (Facteur de pondération)

Volume horaire :
75 h

Unité évaluée en épreuves spécifiques

Liste des UE prérequises :
Néant

Liste des UE corequises :
Néant

Liste des activités d'apprentissage :

Activité d'apprentissage Volume horaire ECTS Pondération Présence obligatoire
Microbiologie 1 30 3 60 NON
Laboratoire de microbiologie 1 45 2 40 OUI
0 0 NON

Contribution de l'UE au profil d'enseignement du programme :

Au terme de sa formation, le Master en Sciences de l'ingénieur industriel Biochimie est capable de :

  • ARES. 1 01. Identifier, conceptualiser et résoudre des problèmes complexes
  • ARES. 1.1 Intégrer les savoirs scientifiques et technologiques afin de faire face à la diversité et à la complexité des problèmes rencontrés
  • ARES. 1.6 Établir ou concevoir un protocole de tests, de contrôles et de mesures.
  • ARES. 2 02. Concevoir et gérer des projets de recherche appliquée
  • ARES. 2.3 Mener des études expérimentales, en évaluer les résultats et en tirer des conclusions
  • ARES. 2.5 Exploiter les résultats de recherche
  • ARES. 3 03. Développer et appliquer les ressources techniques et technologiques liées au domaine de la biochimie
  • ARES. 3.1 Rédiger, présenter, discuter, et argumenter des rapports techniques et expérimentaux, protocoles, synthèses bibliographiques, résultats d’analyses, bilans, synthèses bibliographiques ou autres documents scientifiques sur base des données scientifiques et techniques actuellement disponibles (recherche de données pertinentes).
  • ARES. 3.2 Sélectionner des matières premières ou nutriments, créer ou sélectionner une souche microbienne, une cellule animale, un vecteur, …, innover, améliorer, modéliser et schématiser des protocoles, modes opératoires, dispositifs d’analyse, des installations de « Up Stream Processing » ou « Down Stream Processing ».
  • ARES. 3.4 Connaitre et évaluer les risques liés à l’utilisation d’organismes vivants éventuellement recombinés.
  • ARES. 3.6 Respecter et faire respecter les législations et réglementations en vigueur, les normes et les procédures en termes d’assurance qualité, d’hygiène, de biosécurité, de systèmes de certification, et ce au travers par exemple des bonnes pratiques GMP/GLP, des normes internationales ISO ou européennes EN, des règles de biosécurité relative par exemple à l’utilisation d’OGM et/ou d’organismes pathogènes, de protection des travailleurs exposés à des agents biologiques au travail, de normes HACCP, ...Assurer la production en respectant le cahier des charges (spécifications), les coûts et les délais.
  • ARES. 4 04. S’intégrer et contribuer au développement de son milieu professionnel
  • ARES. 4.3 Travailler en autonomie et en équipe dans le respect de la culture d’entreprise
  • ARES. 7 07. S’engager dans une démarche de développement professionnel
  • ARES. 7.2 S’autoévaluer pour identifier ses besoins de développement
  • ARES. 7.4 Organiser son savoir de manière à améliorer son niveau de compétence

Autres connaissances ou compétences prérequises :

Microbiologie 1

  • Cours de Biologie, de Biochimie et de Microbiologie de Bachelier.

Laboratoire de microbiologie 1

  • Cours de Biologie, de Biochimie et de Microbiologie de Bachelier.

Descriptif des objectifs et des contenus de l’UE :

Microbiologie 1

Objectifs :

- Etudier et comprendre la cytologie (cf. structures et composition), la physiologie et la biochimie (moléculaire et cellulaire) des micro-organismes à travers « leur visite guidée ».
- Etudier la croissance microbienne (cf. facteurs intrinsèques).
- Illustrer l’intérêt des micro-organismes en recherche fondamentale, en recherche appliquée, dans les bioindustries et les biotechnologies, ...
- Acquérir et intégrer les différents concepts de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire), pré requis indispensable à la compréhension des cours de Génie génétique, de Biochimie appliquée, de Génie biochimique, de Biochimie industrielle, …

Contenu :

- Bioindustries et biotechnologies.
- Diversité microbienne, taxinomie microbienne, classification sécuritaire, …
- Identification qualitative d’une souche microbienne (cf. genre, espèce, souche).
- Bactéries et levures : cytologie (membrane, paroi, capsule, LPS, cytoplasme, périplasme, flagelles, pili, matériel génétique, …), physiologie, biochimie (moléculaire et cellulaire), …
- La sporulation, les biofilms, ...
- Les antibiotiques.
- Croissance des micro-organismes : types nutritionnels et métaboliques, milieux de culture, relation entre micro-organismes, techniques de quantification des populations, …

Laboratoire de microbiologie 1

Objectifs :

- Illustrer le cours théorique de Microbiologie 1.
- Former les étudiants au respect des consignes de biosécurité et les familiariser aux techniques classiques de Microbiologie conduisant à l’isolement, au dénombrement et à l’identification (sommaire, cf. genre) des micro-organismes (bactéries, levures) de classe de sécurité biologique 1.
- Former les étudiants à être autonome au sein d’un laboratoire de Microbiologie au point de vue organisationnel (gestion de son travail, du matériel et des produits).
- Former les étudiants à l’analyse microbiologique (et les sensibiliser aux nombreux contrôles à effectuer), à l’expression des résultats et à l’interprétation rigoureuse de ceux-ci (cf. rédaction de rapports).
- Acquérir une démarche de pensée logique, analytique, pertinente et rigoureuse ; et développer son autonomie et son esprit critique dans la résolution de problèmes.

Contenu :

- Préparation et stérilisation du matériel, des milieux de culture et de divers réactifs.
- Manipulations aseptiques (en L1) : prélèvements, transferts, dilutions sériées, …
- Mises en culture, enrichissements sélectifs, isolements de souches pures au départ d’un échantillon complexe.
- Observations macroscopiques et caractérisation de colonies sur milieux gélosés.
- Observations microscopiques et caractérisation sommaires des micro-organismes (cf. genre) : état frais, colorations négatives vs différentielles, … manipulation du microscope.
- Tests enzymatiques et biochimiques (sommaires) : galeries API, milieux chromogènes, …
- Mise en évidence des contaminants de l’air, de l’eau, de la terre, de la peau, de la salive, …
- Comptages de micro-organismes (totaux vs viables vs vivants) : méthodes directe vs indirecte.

Objectifs :

Contenu :

Activités et méthodes d’apprentissage et d’enseignement :

Microbiologie 1

- L’enseignement est principalement de type magistral : exposé verbo-iconique (supporté par une projection de présentations PowerPoint).
- Méthode interactive : une participation active à chaque séance du cours est vivement recommandée.

Laboratoire de microbiologie 1

- Une introduction repositionnant la manipulation dans son contexte théorique est réalisée en début de chaque séance.
- Les étudiants réalisent, individuellement, les manipulations précitées sur base des protocoles présentés dans le syllabus (préparation à domicile).
- Démonstrations pratiques.
- Le titulaire des TP passe « d’étudiant en étudiant ».

Mode d’évaluation et de pondération par activité au sein de l’UE :

Chaque activité d'apprentissage de cette unité d'enseignement est évaluée en épreuve spécifique

Activité d'apprentissage En cours
d'application
Pondération Première session
Examens de Janvier
Evaluation continue
%
Remise de travaux
HORS SESSION
Remise de travaux
DURANT LA SESSION
Examens écrits Examens oraux
% Date(s) / période(s) % Durée % Type Durée % Type Durée
Microbiologie 1 60 0 0 0 0
100 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
Laboratoire de microbiologie 1 40 66 0 0 34 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0

Chaque activité d'apprentissage de cette unité d'enseignement est évaluée en épreuve spécifique

Activité d'apprentissage En cours
d'application
Pondération Deuxième session
Examens de Août/Septembre
Evaluation continue
%
Remise de travaux
HORS SESSION
Remise de travaux
DURANT LA SESSION
Examens écrits Examens oraux
% Date(s) / période(s) % Durée % Type Durée % Type Durée
Microbiologie 1 60 0 0 0 0
100 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
Laboratoire de microbiologie 1 40 66 0 0 34 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0

Informations complémentaires liées aux évaluations :

Microbiologie 1

Informations concernant la session de janvier -- Code VERT

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de janvier -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de janvier -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de aout -- Code VERT

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de aout -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de aout -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Laboratoire de microbiologie 1

Informations concernant la session de janvier -- Code VERT

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de janvier -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de janvier -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de aout -- Code VERT

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de aout -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de aout -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Acquis d’apprentissages sanctionnés, spécifiques et contribuant à l’UE :

Microbiologie 1

A l'issue du cours de Microbiologie 1, l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs théoriques de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire) et d’en maîtriser sa terminologie.
- De décrire et d’expliquer la cytologie (cf. structures et composition), la physiologie et la biochimie des micro-organismes.
- De comprendre et d’expliquer les facteurs intrinsèques clés régissant la croissance microbienne (cf. types nutritionnels, types métaboliques, composition des milieux de culture, relations entre micro-organisme, techniques de quantification des populations).
- D’identifier, sur base des facteurs intrinsèques pré cités, les contraintes liées à l’utilisation de micro-organismes en bioréacteurs.
- D’illustrer l’intérêt des micro-organismes en recherche fondamentale, en recherche appliquée, dans les bioindustries et les biotechnologies, ...
- De transposer les données du cours dans des situations plus appliquées (telles les TP de laboratoire, le contrôle « Qualité », la recherche fondamentale vs appliquée, l’industrie …).

Laboratoire de microbiologie 1

A l'issue des laboratoires de Microbiologie 1, l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs pratiques de la Microbiologie et d’en maîtriser sa terminologie.
- De préparer, stériliser et conditionner différents milieux de culture (qualitativement et quantitativement simples vs complexes), réactifs et matériels utilisés dans les techniques microbiologiques de base.
- De travailler de manière aseptique : prélèvements, dilutions sériées, transferts, ensemencements (en surface, dans la masse, en double couche).
- De procéder à l’examen macroscopique de colonies sur différents milieux gélosés (taille, forme, coupe, couleur, aspect, texture, …).
- De procéder à l’examen microscopique complet d’une souche pure de classe 1 (état frais, coloration négative, coloration différentielle de Gram) : forme, taille, mode d’association, groupe taxinomique.
- De procéder au dénombrement d’une population microbienne (vivante vs viable vs totale) par des méthodes directe (cf. chambre de comptage) et indirecte (cf. ensemencements). Validation des duplicatas, des dilutions sériées, de l’écart type, de l’intervalle de confiance, … Expression des résultats.
- D’isoler une souche pure au départ d’une flore hétérogène complexe (cf. milieux sélectifs, facteurs physico-chimiques).
- De caractériser (cf. genre) biochimiquement une souche bactérienne pure via, notamment, une méthode commerciale de type galerie API.
- De réaliser de manière autonome une expérience sur base du protocole fourni.
- De présenter de manière adéquate les résultats expérimentaux obtenus, de les analyser de manière rigoureuse et pertinente et de les interpréter en regards des résultats théoriques attendus. Validation des contrôles positifs et négatifs. Etude des effets croisés de : la T°, +/- O2, de la disponibilité en nutriments, du temps d’exposition, …
- De présenter une communication écrite de qualité.

Description des supports de cours indispensables :

Description Accès à la source Url

Microbiologie 1

- Table des matières très détaillée.
- Photocopies des principaux transparents des présentations PowerPoint projetées en auditoire (celles-ci sont distribuées aux étudiants en début de période). Volontairement incomplètes (pour favoriser l’interaction et susciter des moments d’apprentissage participatifs et réflexifs), ces présentations contiennent les mots-clés, les définitions, les schémas, les mécanismes moléculaires, les tableaux récapitulatifs, … Ces photocopies ne constituent donc pas un ensemble rédigé en tant que notes de cours et ne doivent être considérées que comme « aide-mémoire » des aspects présentés.
- Certains chapitres sont, néanmoins, rédigés sous forme de texte continu.
distribué au cours
Les versions pdf des projections PPT complètes projetées au cours. sur le campus numérique

Laboratoire de microbiologie 1

- Un syllabus reprenant l'ensemble des protocoles de laboratoire, des fiches techniques, des réactifs et des kits utilisés sont distribuées aux étudiants en début de période. distribué au cours

Description des références et des supports :

Description Accès à la source Url

Microbiologie 1

Une liste complète de références bibliographiques est distribuée aux étudiants. sur le campus numérique 0

Laboratoire de microbiologie 1

- Une liste complète de références bibliographiques est distribuée aux étudiants. sur le campus numérique 0

Fiche UE 60 : Microbiologie I

Domaine : Sciences de l'ingénieur et technologie
Section : Sciences de l'ingénieur industriel
Option : Biochimie

Fiche descriptive d'une Unité d'Enseignement
Année académique 2020-2021

Microbiologie I

UE 60

Enseignant responsable : MAURER Philippe

Coordonnées du service :
Campus d'Anderlecht
Avenue Émile Gryzon 1 (bât. 4C)
1070 Anderlecht

Langue(s) d'enseignement :
Français

Niveau du cycle :
2 e cycle

Période de l'année :
Quadrimestre 1

Cadre européen de certification :
Niveau 7

Caractère obligatoire ou au choix dans le programme ou option de l'étudiant :
Cours obligatoire dans le programme

Renseignements d'identification

Année d'études :
BLOC 4

Acronyme :
TLU41MIC

Nombre de crédits ECTS :
5 (Facteur de pondération)

Volume horaire :
75 h

Unité évaluée en épreuves spécifiques

Liste des UE prérequises :
Néant

Liste des UE corequises :
Néant

Liste des activités d'apprentissage :

Activité d'apprentissage Volume horaire ECTS Pondération Présence obligatoire
Microbiologie 1 30 3 60 NON
Laboratoire de microbiologie 1 45 2 40 OUI
0 0 NON

Contribution de l'UE au profil d'enseignement du programme :

Au terme de sa formation, le Master en Sciences de l'ingénieur industriel Biochimie est capable de :

  • ARES. 1 01. Identifier, conceptualiser et résoudre des problèmes complexes
  • ARES. 1.1 Intégrer les savoirs scientifiques et technologiques afin de faire face à la diversité et à la complexité des problèmes rencontrés
  • ARES. 1.6 Établir ou concevoir un protocole de tests, de contrôles et de mesures.
  • ARES. 2 02. Concevoir et gérer des projets de recherche appliquée
  • ARES. 2.3 Mener des études expérimentales, en évaluer les résultats et en tirer des conclusions
  • ARES. 2.5 Exploiter les résultats de recherche
  • ARES. 3 03. Développer et appliquer les ressources techniques et technologiques liées au domaine de la biochimie
  • ARES. 3.1 Rédiger, présenter, discuter, et argumenter des rapports techniques et expérimentaux, protocoles, synthèses bibliographiques, résultats d’analyses, bilans, synthèses bibliographiques ou autres documents scientifiques sur base des données scientifiques et techniques actuellement disponibles (recherche de données pertinentes).
  • ARES. 3.2 Sélectionner des matières premières ou nutriments, créer ou sélectionner une souche microbienne, une cellule animale, un vecteur, …, innover, améliorer, modéliser et schématiser des protocoles, modes opératoires, dispositifs d’analyse, des installations de « Up Stream Processing » ou « Down Stream Processing ».
  • ARES. 3.4 Connaitre et évaluer les risques liés à l’utilisation d’organismes vivants éventuellement recombinés.
  • ARES. 3.6 Respecter et faire respecter les législations et réglementations en vigueur, les normes et les procédures en termes d’assurance qualité, d’hygiène, de biosécurité, de systèmes de certification, et ce au travers par exemple des bonnes pratiques GMP/GLP, des normes internationales ISO ou européennes EN, des règles de biosécurité relative par exemple à l’utilisation d’OGM et/ou d’organismes pathogènes, de protection des travailleurs exposés à des agents biologiques au travail, de normes HACCP, ...Assurer la production en respectant le cahier des charges (spécifications), les coûts et les délais.
  • ARES. 4 04. S’intégrer et contribuer au développement de son milieu professionnel
  • ARES. 4.3 Travailler en autonomie et en équipe dans le respect de la culture d’entreprise
  • ARES. 7 07. S’engager dans une démarche de développement professionnel
  • ARES. 7.2 S’autoévaluer pour identifier ses besoins de développement
  • ARES. 7.4 Organiser son savoir de manière à améliorer son niveau de compétence

Autres connaissances ou compétences prérequises :

Microbiologie 1

  • Cours de Biologie, de Biochimie et de Microbiologie de Bachelier.

Laboratoire de microbiologie 1

  • Cours de Biologie, de Biochimie et de Microbiologie de Bachelier.

Descriptif des objectifs et des contenus de l’UE :

Microbiologie 1

Objectifs :

- Etudier et comprendre la cytologie (cf. structures et composition), la physiologie et la biochimie (moléculaire et cellulaire) des micro-organismes à travers « leur visite guidée ».
- Etudier la croissance microbienne (cf. facteurs intrinsèques).
- Illustrer l’intérêt des micro-organismes en recherche fondamentale, en recherche appliquée, dans les bioindustries et les biotechnologies, ...
- Acquérir et intégrer les différents concepts de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire), pré requis indispensable à la compréhension des cours de Génie génétique, de Biochimie appliquée, de Génie biochimique, de Biochimie industrielle, …

Contenu :

- Bioindustries et biotechnologies.
- Diversité microbienne, taxinomie microbienne, classification sécuritaire, …
- Identification qualitative d’une souche microbienne (cf. genre, espèce, souche).
- Bactéries et levures : cytologie (membrane, paroi, capsule, LPS, cytoplasme, périplasme, flagelles, pili, matériel génétique, …), physiologie, biochimie (moléculaire et cellulaire), …
- La sporulation, les biofilms, ...
- Les antibiotiques.
- Croissance des micro-organismes : types nutritionnels et métaboliques, milieux de culture, relation entre micro-organismes, techniques de quantification des populations, …

Laboratoire de microbiologie 1

Objectifs :

- Illustrer le cours théorique de Microbiologie 1.
- Former les étudiants au respect des consignes de biosécurité et les familiariser aux techniques classiques de Microbiologie conduisant à l’isolement, au dénombrement et à l’identification (sommaire, cf. genre) des micro-organismes (bactéries, levures) de classe de sécurité biologique 1.
- Former les étudiants à être autonome au sein d’un laboratoire de Microbiologie au point de vue organisationnel (gestion de son travail, du matériel et des produits).
- Former les étudiants à l’analyse microbiologique (et les sensibiliser aux nombreux contrôles à effectuer), à l’expression des résultats et à l’interprétation rigoureuse de ceux-ci (cf. rédaction de rapports).
- Acquérir une démarche de pensée logique, analytique, pertinente et rigoureuse ; et développer son autonomie et son esprit critique dans la résolution de problèmes.

Contenu :

- Préparation et stérilisation du matériel, des milieux de culture et de divers réactifs.
- Manipulations aseptiques (en L1) : prélèvements, transferts, dilutions sériées, …
- Mises en culture, enrichissements sélectifs, isolements de souches pures au départ d’un échantillon complexe.
- Observations macroscopiques et caractérisation de colonies sur milieux gélosés.
- Observations microscopiques et caractérisation sommaires des micro-organismes (cf. genre) : état frais, colorations négatives vs différentielles, … manipulation du microscope.
- Tests enzymatiques et biochimiques (sommaires) : galeries API, milieux chromogènes, …
- Mise en évidence des contaminants de l’air, de l’eau, de la terre, de la peau, de la salive, …
- Comptages de micro-organismes (totaux vs viables vs vivants) : méthodes directe vs indirecte.

Objectifs :

Contenu :

Activités et méthodes d’apprentissage et d’enseignement :

Microbiologie 1

- L’enseignement est principalement de type magistral : exposé verbo-iconique (supporté par une projection de présentations PowerPoint).
- Méthode interactive : une participation active à chaque séance du cours est vivement recommandée.

Laboratoire de microbiologie 1

- Une introduction repositionnant la manipulation dans son contexte théorique est réalisée en début de chaque séance.
- Les étudiants réalisent, individuellement, les manipulations précitées sur base des protocoles présentés dans le syllabus (préparation à domicile).
- Démonstrations pratiques.
- Le titulaire des TP passe « d’étudiant en étudiant ».

Mode d’évaluation et de pondération par activité au sein de l’UE :

Chaque activité d'apprentissage de cette unité d'enseignement est évaluée en épreuve spécifique

Activité d'apprentissage En cours
d'application
Pondération Première session
Examens de Janvier
Evaluation continue
%
Remise de travaux
HORS SESSION
Remise de travaux
DURANT LA SESSION
Examens écrits Examens oraux
% Date(s) / période(s) % Durée % Type Durée % Type Durée
Microbiologie 1 60 0 0 0 0
100 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
Laboratoire de microbiologie 1 40 66 0 0 34 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0

Chaque activité d'apprentissage de cette unité d'enseignement est évaluée en épreuve spécifique

Activité d'apprentissage En cours
d'application
Pondération Deuxième session
Examens de Août/Septembre
Evaluation continue
%
Remise de travaux
HORS SESSION
Remise de travaux
DURANT LA SESSION
Examens écrits Examens oraux
% Date(s) / période(s) % Durée % Type Durée % Type Durée
Microbiologie 1 60 0 0 0 0
100 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
60 0 0 0 0
100 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
40 min/étudiant
Laboratoire de microbiologie 1 40 66 0 0 34 Présentiel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0
40 66 0 0 34 Distanciel - Questions mixtes (mélange des différents types de questions)
Examen à livre fermé
2 heures 30 0

Informations complémentaires liées aux évaluations :

Microbiologie 1

Informations concernant la session de janvier -- Code VERT

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de janvier -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de janvier -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de aout -- Code VERT

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de aout -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Informations concernant la session de aout -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est remédiable.

Laboratoire de microbiologie 1

Informations concernant la session de janvier -- Code VERT

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de janvier -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de janvier -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Evaluation continue partiellement remédiable
- L’attitude générale de l’étudiant est évaluée régulièrement lors des TP (participation active et « autonomie » des étudiants, respect des consignes de travail, organisation et gestion du temps et des appareillages, …). Associée aux résultats préliminaires rentrés en fin de séance, ils constituent 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Les rapports individuels remis la séance de laboratoire qui suit la fin de la manipulation constituent également 33 % de la note (↔ non remédiable).
- Pour le % d'absence autorisé tout comme pour les arrivées tardives au laboratoire, se référer au RGE.
- Examen écrit sur la théorie (+ exercices) exploitée lors des TP. Il compose 34 % de la note finale (↔ remédiable en 2ème session)

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de aout -- Code VERT

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de aout -- Code ORANGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Informations concernant la session de aout -- Code ROUGE

Informations complémentaires :

Une liste de questions « ouvertes », préparatoires à l’examen, est distribuée en cours d’année aux étudiants.
- Lors de l’examen, deux questions « ouvertes » sont tirées au sort par parmi la liste pré citée.
- Après une préparation écrite de 30 minutes, l’étudiant expose oralement ses réponses.
- Ces questions préparées sont le point de départ de l’examen qui, par la suite, vérifiera la maîtrise du cours dans son ensemble (cf. mots-clés, concepts, propriétés, … à expliquer à « brûle-pourpoint »).

Activité remédiable :

Cette activité est non remédiable.

Seul l'examen de TP est remédiable

Acquis d’apprentissages sanctionnés, spécifiques et contribuant à l’UE :

Microbiologie 1

A l'issue du cours de Microbiologie 1, l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs théoriques de la Microbiologie (moléculaire et cellulaire) et d’en maîtriser sa terminologie.
- De décrire et d’expliquer la cytologie (cf. structures et composition), la physiologie et la biochimie des micro-organismes.
- De comprendre et d’expliquer les facteurs intrinsèques clés régissant la croissance microbienne (cf. types nutritionnels, types métaboliques, composition des milieux de culture, relations entre micro-organisme, techniques de quantification des populations).
- D’identifier, sur base des facteurs intrinsèques pré cités, les contraintes liées à l’utilisation de micro-organismes en bioréacteurs.
- D’illustrer l’intérêt des micro-organismes en recherche fondamentale, en recherche appliquée, dans les bioindustries et les biotechnologies, ...
- De transposer les données du cours dans des situations plus appliquées (telles les TP de laboratoire, le contrôle « Qualité », la recherche fondamentale vs appliquée, l’industrie …).

Laboratoire de microbiologie 1

A l'issue des laboratoires de Microbiologie 1, l'étudiant est capable de :
- De s’approprier les savoirs pratiques de la Microbiologie et d’en maîtriser sa terminologie.
- De préparer, stériliser et conditionner différents milieux de culture (qualitativement et quantitativement simples vs complexes), réactifs et matériels utilisés dans les techniques microbiologiques de base.
- De travailler de manière aseptique : prélèvements, dilutions sériées, transferts, ensemencements (en surface, dans la masse, en double couche).
- De procéder à l’examen macroscopique de colonies sur différents milieux gélosés (taille, forme, coupe, couleur, aspect, texture, …).
- De procéder à l’examen microscopique complet d’une souche pure de classe 1 (état frais, coloration négative, coloration différentielle de Gram) : forme, taille, mode d’association, groupe taxinomique.
- De procéder au dénombrement d’une population microbienne (vivante vs viable vs totale) par des méthodes directe (cf. chambre de comptage) et indirecte (cf. ensemencements). Validation des duplicatas, des dilutions sériées, de l’écart type, de l’intervalle de confiance, … Expression des résultats.
- D’isoler une souche pure au départ d’une flore hétérogène complexe (cf. milieux sélectifs, facteurs physico-chimiques).
- De caractériser (cf. genre) biochimiquement une souche bactérienne pure via, notamment, une méthode commerciale de type galerie API.
- De réaliser de manière autonome une expérience sur base du protocole fourni.
- De présenter de manière adéquate les résultats expérimentaux obtenus, de les analyser de manière rigoureuse et pertinente et de les interpréter en regards des résultats théoriques attendus. Validation des contrôles positifs et négatifs. Etude des effets croisés de : la T°, +/- O2, de la disponibilité en nutriments, du temps d’exposition, …
- De présenter une communication écrite de qualité.

Description des supports de cours indispensables :

Description Accès à la source Url

Microbiologie 1

- Table des matières très détaillée.
- Photocopies des principaux transparents des présentations PowerPoint projetées en auditoire (celles-ci sont distribuées aux étudiants en début de période). Volontairement incomplètes (pour favoriser l’interaction et susciter des moments d’apprentissage participatifs et réflexifs), ces présentations contiennent les mots-clés, les définitions, les schémas, les mécanismes moléculaires, les tableaux récapitulatifs, … Ces photocopies ne constituent donc pas un ensemble rédigé en tant que notes de cours et ne doivent être considérées que comme « aide-mémoire » des aspects présentés.
- Certains chapitres sont, néanmoins, rédigés sous forme de texte continu.
distribué au cours
Les versions pdf des projections PPT complètes projetées au cours. sur le campus numérique

Laboratoire de microbiologie 1

- Un syllabus reprenant l'ensemble des protocoles de laboratoire, des fiches techniques, des réactifs et des kits utilisés sont distribuées aux étudiants en début de période. distribué au cours

Description des références et des supports :

Description Accès à la source Url

Microbiologie 1

Une liste complète de références bibliographiques est distribuée aux étudiants. sur le campus numérique 0

Laboratoire de microbiologie 1

- Une liste complète de références bibliographiques est distribuée aux étudiants. sur le campus numérique 0